От подмены одной собачки на другую клеймо частично защитит только если до подмены они обе были клейменые. Если под документы "дворняжку" ставим, то кто же помешает ей клеймо в соответствии с доками кольнуть. В данном случае более-менее чипированием защититься можно. Чип штука с уникальным номером и из тела одной запросто его не выковырять и в другую не зарядить. Но к сожалению данная система пока очень слабо развита. Хотя по деньгам становится уже вполне доступной - цены на RFID сканеры для чтения чипов начинаются от 2,5 тыс руб - за флэшку, подключаемую к мобильнику или компу; и от 4,5 тыс руб - за вполне самостоятельное устройство с экранчиком.
В любом случае все от административного решения сверху зависит, естественно с контролем исполнения на местах.